三天之后，清廷果然任命袁世凯为钦差大臣，代表朝廷赴山东表彰嘉奖海外华人。
不过收到圣旨之后，袁世凯却是头大如斗。清廷的官员中，和华东政府接触最多，私交最好的官员，首推自然是李鸿章，而第二个就是袁世凯。因为海外华人入主山东时，袁世凯是当时的山东巡抚，是他和海外华人办理交接手续，后来袁世凯出任直隶总督，驻地就在天津，和华东政府的天津新区比邻，几乎天天都有接触，而袁世凯也刻意的和海外华人交结示好，因此双方一直相安无事，并且经常会面，算是建立了不错的私交。
但这一次的舆论风波，袁世凯是知道的，朝廷确实是做得不大地道，海外华人这回确实是给中华长了脸，而朝廷只到现在才想到嘉奖他们，实在是太不应该了，而且袁世凯清楚，如果是别的官员或许还会给朝廷一个台阶下，而海外华人本来对朝廷就不怎么恭敬，甚致有不少人公然出言不逊，现在自然是更不会买朝廷的帐了。那么朝廷派给自己的这个钦差，可不是那么好当的。
由其是袁世凯得知是李鸿章像朝廷推荐的自己，甚至怀疑李鸿章是不是在给自己挖坑。不过袁世凯冷静下来一想，认为李鸿章应该不是这样的人，这样做肯定是另有缘故。于是袁世凯赶忙写了一封信，派心腹人连夜骑快马送到北京给李鸿章，像他请教。
李鸿章的回信只有八个字“忍辱负重，从长计议”。老袁虽然读书不多，但头脑绝对好使，立刻就茅塞顿开了。因为朝廷必须要有一个和海外华人有私交，能够说得上话的人，虽然现在有李鸿章在，但李鸿章毕竟已经是80岁的人了，还能再支撑几天，而等李鸿章之后，能够用得的就只有袁世凯了。李鸿章向朝廷推荐袁世凯，其实就是告诉朝廷，除了他之外，只有袁世凯是能和海外华人说得上话，同时也是让袁世凯多和海外华人沟通，以后袁世凯就凭这个关系，可以在朝廷中立于不败之地。这也就是从长计议的意思。
而忍辱负重就更好理解了，无非就是叫袁世凯装孙子。其实李鸿章心里十分清楚，海外华人是肯定不会忠于清廷的，但李鸿章估计，至少在10年之内海外华人是不会和朝廷翻脸，除非是朝廷首先发难，因此这一次海外华人也不会真的就反了，他们这样闹腾，不过是要把自己打扮成中华的正统代表，争取民心，而闹到现在这一步，其实也差不多达到了目地。而袁世凯和海外华人有些交情，如果朝廷再放低身段，海外华人也就会顺梯下墙，多半不会为难袁世凯。
想通了这一层道理，袁世凯就立刻来了精神，赶忙和天津的李松晨联络，通告华东政府，自己出任钦差，要到青岛去嘉奖他们，同时又以个人名议，给秦铮发了一份电报，首先对华东政府的护侨行动大嘉赞扬一番，并且也说了几句朝廷不对，然后又说自已是受朝廷委派，身不由己，恳求海外华人不要为难自已，言辞十分谦卑。然后才从天津出发。
到达青岛之后，袁世凯也十分低调，处处谦恭，丝毫也没有摆钦差大臣的架子，而华东政府到也没有为难袁世凯，毕竟现在华东政府下一步的主要目标是日俄战争，因此还不想正式和清廷撕破脸，而且爪哇护侨所需要达到的效果也基本都实现了，正好可以借这个台阶下来。
不过这次清廷对穿越者的嘉奖也确实是出了血本，首先是正式给山东建藩，穿越者可以开府理事，委任省内的各级官员，这也就是正式承认了山东的割据地位，而夏博海、秦铮、肖建军、王云鹏、徐济超五人全部都被封为一等公爵。清廷入关立国260余年，除了王朝初立时设过三藩之外，外姓功臣被封为一等公爵的一共也只有4个人。曾国藩、左宗棠、李鸿章都算是为清廷尽心尽责，劳苦功高，并且位及人臣，但生前的爵位也只是一等伯爵，死后才追封一等候爵。因此确实可以算是特别的殊荣。
除此之外，清廷还封出了2个二等公爵，4个三等公爵；候爵16个，伯爵35个，仿佛爵位像不要钱一样批发着卖。另外还赏下了黄马挂166件，赐号骠勇巴图鲁67个，共计受封的超过了300人，其中还包括62名女穿越者或本土的女归化民，都是被封为诰命，这还是由于穿越者结婚的不多。而且还赏给受封的每个人不少礼物，另外还额外赏给华东政府100万两白银，还有光绪、慈禧亲笔赐字6幅。
虽然封出去的都是虚街，而且清廷也不打算支付奉禄，但毕竟是有正式的委任诏书，不要说是在清朝，历代都没有这样大封爵位的事情。
当然袁世凯也不敢让穿越者跪迎圣旨，连当众宣读的程序都免了，直接把圣旨及所有委任书交给秦铮了事，而受封的穿越者也没有上折谢恩，就这样对付过去。
而袁世凯也终于松了一口气，不管怎么说，自己可以回去有交待了，而且自己毕竟是完成朝廷的任务，应该算是立了一功。另外也坐实了自己能和海外华人交流的地位，以后肯定是前途广阔，但也多亏了李鸿章，看来姜还是老的辣，自己还是要对李鸿章尊敬一样。
应该说清廷的这一手还是有一定作用的，这一批不计成本的嘉奖，也让舆论消停了不少，尽管还有人指责清廷的封赏太慢，而且全是虚职，但声势巳经小得多了，而还有一些清廷的死忠，或者对清廷还有一定感情的人甚致同情起清廷，海外华人这也太不讲理了，就算是立了天大的功劳，但逼得朝廷一下子发出了60多个爵位，还让山东正式建藩，这不是要造反吗？因此指责海外华人的声音又渐渐有了抬头之势。不过这样撕逼毕竟是进入了尾声，再也不能造成大影响。
这一次再次显示了李鸿章的作用，而且由于荣禄己死，因此清廷也对军机处进行了一次大调整，庆亲王奕劻仍然担任军机领班，而李鸿章升到第二位，满军机中，又增补世续进入军机，汉军机则调整较大，免除了王文韶、赵舒翘两人的军机大臣之职，而补鹿传霖、瞿鸿禨两人进入军机，这样仍然保持4满4汉的平衡局面。
荣禄的死使满军机少了最有份量的一个，虽然补了一个世续进来，但无论是资历、能力、威信都远不如汉军机，尽管人数相同，但天秤却是倒向了汉军机的一边，因此必须对汉军机进行调整，李鸿章是首先不能动的，张之洞不仅是朝廷重臣，而且还有牵制李鸿章的作用，也不能动，只好拿下王文韶、赵舒翘，而补进鹿传霖、瞿鸿禨这两个资历较浅的人，免强还可以维持平衡。
可以说慈禧的这一番动作确实是用心良苦，而李鸿章也苦笑不语，反正这时张佩纶夫妇己经在盛宣怀的帮助下，在青岛正式投资了50万白银，成立一座纺织厂，算是绑上了海外华人，而在清廷这边，还有袁世凯，因此自己只要再熬过几年，一闭眼就不管事了。
淸廷算是免强挺过去了这一次，但爪哇护侨行动所影响的决不是只有清廷，对远东地区的各国也都纷纷评估这次事件所造成的后果，以及本国的行动。
首先是俄国认为华东政府的护侨行动对自己有利，因为在这次事件中，英国显然是站在荷兰一边，和华东政府对立，而从结果来看，是以荷兰让步结束，英国的干涉似手并没有起到什么作用，而俄国却从中看到了机会，认为这正是分化华东政府、日本、英国这个反俄合作的大好时机。
于是俄国立刻向华东政府频频释放善意，通过青岛领事馆，向华东政府表示，在爪哇问题上，俄国支持华东政府的立场，可以帮助华东政府对抗英国，并且希望和华东政府、清廷重新谈判解决东北的撤军问题；还一再强调，俄国对中国的领土没有野心，只是需要解决一些撤军的细节，还有在东北的俄国商人安全利益问题，只要是解决了这些问题，俄国会立刻从东北撤军。
俄国的盘算是，只要谈判一开始，就可以分化华东政府和日本、英国的合作关系，而且就算华东政府、日本、英国的合作关系不破裂，但这一谈起来少则6、7个月，多则年余，这段时间內华东政府是不会参与日本的军事行动，这就给俄国赢得了足够的准备时间。
不过华东政府的回应是：爪哇问题己经圆满解决，华东政府和英国政府沒有矛盾，双方之间仍然保持良好的合作关系，并且一口回绝了俄国重新谈判的要求，坚持要求俄国尊守【东三省交割条约】的规定，无条件从中国东北地区撤军，绝不会重新和俄国展开谈判。但华东政府却要求和俄国进行旅顺的商业谈判。