就在秦铮和张振勋进行会谈的时候，护侨的准备工作己经开始，而华东政府的军事机器也立刻开动了起来。
1师师部首先接到了军委的通知，将由1团负责执行这次护侨进动的陆地部份任务，并且将首先派出一个营的兵力，随昆明舰先行出发。
从济南调回青岛之后，1师首先备配齐了全师下属的各兵种部队的编制和武器，因此成为人民军陆军第一个完成了计划编制的甲种师，按照军委的计划，开始进行全师的兵种协同训练，为其他师的建设训练摸索经验。
当然现在各兵种部队的编制刚刚完成，由其是炮兵部队，绝大部份士兵都是刚刚接受完炮兵的理论知识教育，大部份炮兵在几个月以前还是文盲、半文盲；好在是炮兵普遍都很年轻，最小的只有17岁，而大的也不超过25岁，平均年龄还不到20岁，因为年轻人的头脑较为灵活，而且接受新事务也较快，因此经过了几个月的强化教育，才免强掌握了基本的炮兵术语的字词句和各种测量、单元计算。
不过现在炮兵还需要相当一段时间来巩固这些知识，而且将这些知识应用到实践中，熟悉火炮的操作流程，以及稳定而快建的计算各射击单元，提高射击的精准度，因此现在炮兵主要还是进行最基础的如指挥、测绘、观察、通信、操作训练，而像步炮协同、视距外射击这类综合性或难度较大的科目，暂时还没有进行。
而其他步兵则是和迫击炮一起训练协同作战，去年年底的剿匪战斗中，一师取得过一些战场上的步兵和迫击炮的协同作战经验，因此各营团进行总结讨论之后，制定出一套步迫协同作战的规则，现在将这套规则普及到全师各部队中，正在按规则进行训练。
接到了军委的命令之后，师长张正杰立刻通知罗岳，让罗岳着手安排护侨的任务。于是罗岳首先决定派二营随昆明舰出击，随行的除了二营的三个战斗连之外，还有营属82迫击炮连，共计有12门82迫击炮；和营属机枪连，不过由于原计划机枪连装备的通用机枪还没有研制成功，因此机枪连配备的仍然是马克沁机枪，而且由原编制的12挺机枪减少为6挺。
先期部队到达爪哇之后，将会有8-10天的独立作战期，因此弹药基数必须配足，罗岳要求步枪至少要配备10-12个基数的弹药、机枪要配备8-10个基数的弹药、而掷弹简、迫击炮要配备6-8个基数的弹药，*要配备4个基数，另外考虑到南洋的气候炎热，而且空气的湿度大，含盐量，腐蚀性强，武器的损耗较大，还要考虑多配备一些更换的零配件。而到达南洋之后，罗岳认为应在沿海岸15-20公里内建立滩头阵地，以及收容营，因为在这个距离内，可以受到昆明舰舰炮的保护，因此一面收纳华人，一面屯积物资，保证后续的部队到达上岸。
罗岳的计划在当天下午就报到了军委，很快就得到了军委的批备：步枪配12个基数弹药；机枪配8个基数弹药；掷弹简、60迫击炮配8个基数弹药，82迫击炮、100迫击炮配6个基数弹药，*配4个基数，另外还额外配备300支01式步枪、500支96式手枪，一方面是供二营更换使用；另一方面也是到了爪哇之后，可以在适当的时候，发展当地的武装力量，做为人民军的补充，同时也是培养华东政府在南洋的武装力量。
当然军委考虑的要比罗岳更细一步，同时还考虑人员的饮食，和随舰的医务人员、医药用品等。虽然张振勋承诺可以在沿途港口供应食物、饮水，并且在爪哇还可以提供药品，但华东政府不可能将所有的希望都放在张振勋的身上，由其是先头部队更是要做好充份的准备工作，因此组织了一个15人的医务队，其中有6名是穿越者的医务人员，随先头部队出发，同时食物和饮用水也都加量携带。好在是昆明舰的容纳空间较大，也足以装载下这些物品。
而先期部队到达爪哇之后，军委认为不必拘守沿海岸15-20公里的范围，而是应该视爪哇的情况而定，如果张振勋能够给人民军提供较大的帮助，给军舰提供舶位的码头，并让人民军迅速获得当地华人的信任，那么可以考虑在更进一步的地方设立营地，而反之则应将营地设在舰炮保护的范围内。
陆军己经先期做好了准备工作，而直到第二天下午，原昆明舰的最后一批舰员才到齐集合。
在华东政府成立以后，7艘穿越军舰仅仅只保留5艘作战军舰，两梄登陆舰长白山舰和补济舰太湖舰均被拆除，舰上的设备拆下来，一部份供华东政府使用，一部份留作5艘作战军舰的更换备件，舰员也是一部份转入其他工作，一部份到人民军海军中工作；而5艘作战军舰上的舰员则轮流保留1/3的值班留守人员，其余的人大部份都在海军里，也有少量转为行政工作人员。其中还有8名原舰员在天津工作，5名原舰员在济南工作。
从理论上来说，有1/3的舰员就可以开动军舰，而有2/3的舰员就可以基本保证军舰的战斗力了，但考虑到这一次执行的是远洋任务，时间较长，舰员们需要轮流休息，以确保良好的状态，因此军委还是决定，让昆明舰全员出航。而且不仅仅是舰员，就连原昆明舰的舰长，现任海军部部长尚晋峰也亲自出征，同时他还被任命为这次护侨任务的总指挥。
这次是海陆军协同行动，需要指挥者有足够的资历，能力镇得住海陆部队；又是在距离青岛有6500余公里的地方执行任务，虽然穿越者有远距离的无线通讯设备，但毕竟相隔太远，一但发生了突发事件，需要指挥者有足够的判断和决策能力，而这一次护侨行动不仅仅是保护爪哇的华侨，而且还要逼迫荷兰殖民当局允许华东政府在爪哇占据一个据点，因此还很有可能会和荷兰殖民当局进行谈判，同样需要指挥者有足够的政治经验和外交能力。
而在穿越之前尚晋峰是驱逐舰舰长，资历和军衔都要高于其他4名护卫舰舰长，在穿越者中军衔与夏、秦、肖三人相同，都是大校，而现在同为中将，资历自然是足够的；虽然说军人不能干政，但军人也不能不懂政治，在人民军海军成立以后，尚晋峰就一直担任海军部部长，政治经验也是足够；而且在穿越之前，尚晋峰先后10余次随舰出访，也积累了相当的外交经验，因此由他担任这次行动的总指挥，确实是最适合的人选。
就在华东政府的先期部队准备完毕时，张振勋也作好了自己的安排，首先是自己的侄子张子章正在广州，他跟随张振勋多年，现在己经是能够独当一面的人物，在张振勋的商业帝国中，几乎都认识他，因此由他随昆明舰一起去爪哇，沿途可以在张振勋经营的港口停靠补济。双方约定在广州的海面上汇合。
而在爪哇，则是由张振勋的儿子张秩君来负责协助人民军的工作，在张振勋转向中国以后，张秩君就一直留守爪哇，负责处理爪哇的各项事务，他在爪哇的活动能力几乎和张振勋完全一样，张振勋也将华东政府的要求发电给儿子，要求他务必全部照办？
秦铮则又建议张振勋暂时留在青岛，等昆明舰到达爪哇，因为这个时代的通讯是靠有线电报传递，一但军舰出海，就等于是断了通讯，但华东政府有超越这个时代的无线电台，可以随时和昆明舰联络。而昆明舰到达爪哇还有6、7天的时间，华东政府需要随时知道爪哇那边的各种情况，并且通知给昆明舰，让先期部队做好充份的准备。张振勋留在青岛可以做为爪哇和华东政府之间的中转，让华东政府充份的掌握爪哇的各种情况。
当然张振勋留在青岛，也可以和上海工商团一起进行后面的考查，虽然工商团己经参观完了青岛的各大工厂，但在后面还有重头节目。而对华东政府来说，张振勋本身就是一位很出色的实业家，不仅有钱，见过大世面，而且在南洋有巨大的影响力，如果能够吸引他在山东进行投资，对南洋华侨来说，将会有巨大的带动作用。而吸引南洋华侨到山东来投资，是华东政府最希望达到的目标。
张振勋虽然对华东政府有无线通讯的能力还有些半信半疑，但在这个时候也只能选择相信华东政府，而且通过这两天的接触，他对华东政府的好感大增，无论这次护侨能不能成功，但华东政府对待南洋华侨的态度都要比清廷强得多，因此在山东进行投资，到也不是不可以。
第三天清早，张振勋在青岛栈桥码头目送着昆明舰离开，心里却生出了一丝不真实的感觉来，这艘军舰将从中国的本土出发，远赴爪哇去保护当地的华侨，这是数百年来南洋华侨一次翘首以盼的事情，竟然就在这三天时间内就轻易实现了，而且自己来青岛，也不过是抱着试一试的心态，根本就没有想到会有这样的结果。事实上就在昨天晚上，张振勋的心里都还不敢完全相信这是真的。而现在张振勋甚致都在怀疑这些是不是幻觉。
当然张振勋十分清楚这些并不是幻觉，而是真实发生的，因此看着昆明舰远去的舰影，张振勋忽然想到，中国的希望，或许就在这批人身上。