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成为第二代小虾米的独孤刀剑经过了武侠世界的冒险之后，突破圣堂的大秘境返回了现实世界休息了一会儿。圣堂之钥随着独孤刀剑的离去，使得小虾米武学的秘密从此无法再泄露。
然而，这对独孤刀剑来说还是远远不够的，因此他来到MMD世界之后，展开了各种各样的次元世界的侠客之旅，去寻求侠客之道，主要以侠客能力为主展开了一系列的故事。
某个夏日的清晨，发生了一件巫女必须动身进行异变调查的事件。雨下个不停的魔法之森，浓雾的洋馆降雪的夏日，被阳光笼罩的神社……异常的气象袭击了这个夏日。
但是，让巫女有所行动的行动的并不是那些事情。要问为什么，那是因为她的双眼只盯着那干燥的神社而已。因为在她眼中那只是一片下雨的森林罢了。因为在她眼中那只是一片阴沉的湖泊罢了。
一个隐藏在幻想乡天云山的一个神社的战士，他的神社有一把剑的存在，使神社和管理的城市无法受到异常天气和地震的影响，当城市的人提起这个事件的时候，战士选择了协助巫女去解决异变。